生物離子通道數學建模
國際交流過程
2008年八月林太家教授到美國明尼蘇達大學應用數學中心(IMA)訪問研究一年,期間藉由Bob Eisenberg(Rush University, Medical Center)、Chun Liu (Penn State University, Department of Mathematics) 教授的介紹,開始研究與生物離子通道有關的數學問題。2010年開始至今每年到美國與Bob Eisenberg和Chun Liu教授合作研究,並且定期(1/6-7/2010, 1/5-7/2012, 12/25-27/2013)在台大數學科學中心(TIMS, www.tims.ntu.edu.tw) 舉辦國際研討會,邀請國內外專家學者進行學術交流 。 |
研究問題背景
傳統上分子動力Molecule Dynamics (MD)模擬是以牛頓力學原理來推導描述每個離子位置的常微分方程組,利用電腦程式的計算來模擬通道內的離子動態。此法雖被大多數生物學家採用,但描述離子流的常微分方程組非常龐大且複雜,所需計算時間十分冗長。另外,雷納-瓊斯位能Lennard-Jones (LJ) potential有非常強的奇異性(singularity),數值模擬進行時需要避免任何兩個離子發生碰撞的情況,非常困難。一般而言,需要先用蒙地卡羅Monte Carlo (MC)法找到平衡態(equilibrium state)來確保無碰撞情況,進而模擬在平衡態附近的離子流動態。因此尋找快速且有效的數學建模是一個非常重要且有趣的問題。
研究成果突破
Bob Eisenberg是引用Poisson-Nernst-Planck (PNP)偏微分方程式作為離子通道建模的先鋒,1960年代開始發表相關理論並作廣泛研究至今。然而傳統PNP方程式沒有包括LJ位能的作用,因此無法模擬出MC及MD法所能作出的離子通道選擇性(selectivity)與可靠的離子流動態。Chun Liu(2010)建構一套能量變分方法Energetic Variational Approach可將LJ位能與傳統PNP方程式結合,推導新的數學模型並成功模擬出在一維空間的假設下鈣和鈉離子通道選擇 [1,2]。然而此模型是一個帶有強大奇異積分項的偏微分方程,無論是作分析或計算都很困難。因此林太家教授和他的團隊運用傅利葉分析(Fourier Analysis)方法,建構LJ位能的近似理論,進而推導出形式比較簡單的steric PNP方程式並成功模擬出鈣和鈉離子通道選擇性,進而提昇數值模擬的效率[3,4]。 |
Reference
[1] B. Eisenberg, Y. Hyon, and C. Liu, Energy variational analysis of ions in water and channels:Field theory for primitive models of complex ionic fluids, J. Chem. Phys., 133, 104104–1, 2010.
[2] Y. Hyon, B. Eisenberg, and C. Liu, A Mathematical model for the hard sphere repulsion in ionic solutions, Commun. Math. Sci., 9(2), 459–475, 2011.
[3] T.L. Horng, T.C. Lin, C. Liu and B. Eisenberg, PNP equations with Steric Effects: a Model of Ion Flow through Channels, The Journal of Physical Chemistry B, 2012. 116 (37), p. 11422-11441.
[4] T.C. Lin and B. Eisenberg, A new approach to the Lennard-Jones potential and a new model: PNP-steric equations, Communications in Mathematical Sciences, Vol. 12, No. 1 (2014) 149–173. |